L'interno ha una pianta ad unica navata e tre cappelle aperte su ciascun lato, mentre al centro della chiesa si trova una vasta pietra tombale che indica il sepolcro della famiglia Mocenigo. Adiacente alla chiesa si trova la scuola della confraternita dei "tiraoro e battioro",  la cui cappella è decorata da Antonio Balestra.
Alle pareti del presbiterio si trovano dodici tele di dimensioni minori dedicate agli Apostoli, tra le quali alcuni capolavori come il Martirio di San Bartolomeo, opera giovanile di Giambattista Tiepolo (1721), il Martirio di San Giacomo Maggiore di Giambattista Piazzetta e la Liberazione di San Pietro di Sebastiano Ricci.