L'edificio, risalente al XII-XIII secolo, svolse il ruolo di emporio e di centro commerciale dei mercanti Turchi a Venezia fino al 1838, quando fu acquistato e restaurato dal Comune di Venezia per farne la sede del Museo Correr. Ma nel 1922, le collezioni d’arte e di storia furono trasferite in piazza San Marco e nel fontego rimasero solo quelle naturalistiche ed etnografiche. Nel 1923 venne così istituito il Museo di Storia Naturale, in cui confluirono anche le preziose raccolte dell'Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti. Il museo fu aperto al pubblico solo nel 1928.

Il Museo ospita molteplici collezioni zoologiche, tra cui quelle di uccelli, di molluschi, di insetti, e botaniche, tra cui gli antichi erbari, l’algarium e la raccolta micologica, oltre alla collezione di piante e pesci fossili provenienti da Bolca, il giacimento fossilifero italiano più famoso nel mondo, i cui reperti risalgono a oltre 50 milioni di anni fa.
Tra le raccolte ottocentesche, oltre a quella mineralogica, si trova quella di preparati anatomici e tra le acquisizioni più recenti, la celebre collezione del paleontologo ed etnologo veneziano Giancarlo Ligabue. Il museo è sede anche di attività di monitoraggio e indagine sulla laguna di Venezia e la sua fauna e di una ricca biblioteca.

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