Nasce nel 1893 quando l'amministrazione comunale di Venezia, guidata dal sindaco Riccardo Selvatico, delibera durante l'adunanza consiliare del 19 aprile di istituire una Esposizione biennale artistica nazionale, da inaugurarsi l'anno successivo.
Oggi si colloca ai vertici mondiali sia per la Mostra Internazionale d'Arte Cinematografica, sia per l'Esposizione Internazionale d'Arte e la Mostra Internazionale di Architettura e prosegue la grande tradizione dei Festival della Musica e del Teatro, affiancati ora dal Festival della Danza.
Negli stessi settori, la Biennale promuove iniziative editoriali. La sua visibilità è elevata in tutti i media. Per mezzo dell'ASAC, l'Archivio Storico delle Arti Contemporanee, la Biennale cura la conservazione della documentazione sulla sua storia.
Le sedi della Fondazione, che accolgono un pubblico internazionale sempre più vasto (320.000 visitatori l'anno), non sono di sua proprietà, e sono messe a disposizione per legge dal Comune di Venezia - i Giardini di Castello (arti visive e architettura), il Palazzo del Cinema e il Palazzo del Casinò al Lido (cinema) -, oppure ottenute tramite accordi pluriennali con la Marina e l'Agenzia delle Entrate - l'Arsenale (arti visive e architettura), il Teatro alle Tese e il Teatro Piccolo Arsenale (danza, musica, teatro).
Il decreto legislativo di riforma del gennaio 2004 ha trasformato la Biennale in Fondazione, la cui sfida consiste nel rilanciare le potenzialità della Biennale e la sua unicità di polo d'attrazione d'eccellenza, non solo in occasione delle grandi mostre ma anche nella produzione artistica in tutti i settori, durante tutto l'anno.